日本水果价格较高的原因可以从多个方面进行分析：
地理因素
日本国土面积狭小，山地和丘陵占比较高，平原面积小，导致可用于农业生产的耕地面积有限。这种土地资源紧张的状况使得水果产量较低，从而推高了价格。
政策因素
日本的农业政策对水果价格有重要影响。农协（全国共済農業協同組合連合会， JA）在日本农业中扮演着重要角色，通过低价采购农业生产资料并以高价销售给农民，从而获取暴利。此外，农协还参与水果的加工和包装，进一步推高了水果的市场价格。
品质因素
日本水果在种植过程中注重无农药有机栽培、水分及压力管理、精细化的栽培技术等，这些都需要高度的技术支持，且难以实现机械化，只能依靠人工操作。这些高品质的管理方法虽然增加了成本，但也提高了水果的品质和安全性，使得消费者愿意支付更高的价格。
市场结构
日本的农产品市场结构较为特殊，农协在生产和销售环节具有较大的影响力，能够通过控制品质来设定较高的市场价格。此外，日本消费者对水果的外观和品质有较高的要求，进一步推高了优质水果的价格。
自然因素
日本常受台风、连续降雨、低温和地震等自然灾害的影响，这些自然因素不仅影响了水果的产量，还增加了种植和运输的成本，从而推高了水果的价格。
流通环节成本高
从田间到市场，水果需要经过采摘、运输、仓储和销售等多个环节。在日本，这些环节的成本较高，例如运输过程中需要特殊的保鲜措施和设备，仓储条件也有较高要求，销售环节可能涉及到更高的租金和人工费用等，这些都会导致水果价格上升。
综上所述，日本水果价格之所以高昂，是由于地理因素、政策因素、品质因素、市场结构、自然因素以及流通环节成本等多重因素共同作用的结果。这些因素不仅导致了水果产量的减少，还增加了生产和销售的成本，最终使得消费者需要支付更高的价格来购买日本水果。