在企业破产时，员工补偿金的清算遵循以下步骤和规则：
优先清偿
员工补偿金在破产财产清偿中享有优先权。
首先清偿破产人所欠职工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用。
其次是应划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用。
法律、行政法规规定的其他应支付给职工的补偿金。
补偿金计算
根据职工在本单位的工资年限计算补偿金。
每满一年支付一个月工资的标准。
六个月以上不满一年的，按一年计算。
不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
不足清偿的处理
如果破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求，则按照比例分配。
管理人员工资
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
法律程序
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，如发现公司财产不足以清偿债务，应向人民法院申请宣告破产。
清算组将清算事务移交给人民法院，并可以要求法院在破产清算时优先支付员工赔付。
以上步骤和规则均根据《中华人民共和国企业破产法》和相关司法解释制定。