当公司章丢失时，应遵循以下步骤进行处理：
报案
携带身份证原件和复印件、营业执照副本原件和复印件到丢失地点的公安局或派出所报案，并领取报案证明文件。
登报声明 （如当地公安机关要求）：
在市级以上且每日均有公开发行的报纸上刊发遗失印章的声明，以明确该印章已作废。
补办申请
准备相关材料，如报案证明、营业执照副本、法人身份证原件及复印件、法定代表人拟写并签名的丢失印章说明材料等。
前往公安机关指定的窗口或部门申请补办公章。
等待审批与领取
公安机关将对申请材料进行审核，审核通过后，将按照规定程序重新制定并刻制新的印章。
公司需按照公安机关的要求，前往指定地点领取新印章。
后续管理
及时通知与该公司有业务往来的单位或个人，告知原印章已遗失，新印章启用事宜。
请确保遵循当地公安机关的具体要求和流程，因为不同地区可能有细微差别。