员工职务侵占的处理方式主要依据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，具体处理如下：
刑事处罚
数额较大的情况下，可处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。
数额巨大的情况下，可处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
数额特别巨大的情况下，可处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
民事赔偿
公司作为受害者，有权要求职务侵占行为人赔偿因其违法行为给公司造成的经济损失，包括直接损失和间接损失。
内部处理
如果职务侵占的金额较小，公司可以采取内部处理的方式，例如警告、罚款、解除合同等。
报警处理
如果职务侵占的金额较大，构成刑事案件，公司需要及时向公安机关报案。公安机关会进行立案侦查，法院会根据具体情况对涉案人员进行定罪量刑。
建议
及时报案：一旦发现员工职务侵占行为，尤其是金额较大的情况，公司应立即向公安机关报案，以便尽快启动刑事立案侦查程序。
保留证据：公司应妥善保留所有与职务侵占行为相关的证据，包括财务记录、邮件、证人证言等，以便在刑事诉讼中提供充分的证据支持。
法律咨询：在处理此类问题时，公司应咨询专业律师，了解详细的法律程序和可能的法律后果，以便更好地维护公司的权益。
通过以上措施，公司可以有效地处理员工职务侵占行为，维护公司的合法权益。