关于迟到扣工资的问题，根据相关法律规定和用人单位内部的规章制度，以下是通常的处理方式：
按迟到分钟数扣除工资
通常情况下，可以根据员工迟到的具体分钟数来扣除相应的工资。
迟到时间较短时，可能按照每分钟固定金额（如1元）来计算扣除金额。
迟到时间较长时，扣除比例可能会更高，但通常不会超过员工当月工资的20%。
用人单位规章制度
用人单位有权依法制定内部规章制度来规定迟到的处理方式。
这些规章制度需要合理且善意，并且需要得到员工的同意。
法律限制
根据《劳动法》和《工资支付暂行规定》，用人单位在扣除工资时必须遵守一定的限制，如每月不得超过员工工资的20%。
如果扣除后的工资低于当地最低工资标准，则必须按照该标准支付。
特殊情况
如果员工因迟到给单位造成经济损失，单位可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿，但赔偿额度同样受到法律的限制。
注意事项
用人单位不能以罚款的形式对员工进行经济处罚，因为法律没有赋予这样的权利。
迟到扣工资应遵循公平合理的原则，确保员工的合法权益不受侵犯。
请根据您所在公司的具体规定和当地的法律法规来判断如何扣除工资。