工程合同印花税的缴纳方式如下：
缴纳地点
可以在工程所在地地税局缴纳。
也可以在机构所在地地税局申报缴纳。
缴纳时间
根据《印花税暂行条例》，合同签订时应当缴纳印花税。
缴纳金额
按照合同金额的万分之三计算印花税。
缴纳方式
可以通过银行缴费，需要先在税务机关获取施工合同税种代码，然后到指定银行办理缴费。
也可以通过窗口缴费，即先到税务机关填写缴款书，再到代开发票处印制发票，最后到税务机关窗口缴费。
电子税务局端申报
可以在电子税务局端进行申报缴纳。
账务处理
企业可以在签订合同时根据预计金额计提印花税。
缴纳税款时，通过“应交税费”科目核算。
注意事项
印花税是对具有法律效力的凭证征收的税，通常在合同签订时缴纳。
税率和税额的计算应依照《中华人民共和国印花税暂行条例》所附的印花税税目税率表执行。
纳税人为单位的，应当向其机构所在地的主管税务机关申报缴纳印花税。
请根据具体情况选择合适的缴纳方式，并确保遵守相关税法规定。