南京被称为“石头城”的原因主要与以下几个因素有关：
历史背景
石头城是南京的一处重要历史遗迹，位于清凉山一带，是六朝古都南京的象征之一。
公元前333年，楚威王在石头山上筑城，并命名为金陵邑，这是南京被称为“金陵”和“石头城”的起源。
军事要塞
石头城因其地理位置，成为历史上重要的军事要塞。
孙权在石头山上修建石头城，利用自然形成的石墙作为城墙的一部分，增强了军事防御能力。
地理特征
石头城位于长江之滨，其地理位置使其成为长江防线的重要部分。
唐代之前，长江尚未改道，石头山临江而立，成为阻北敌南渡的天然屏障。
文化传说
有关于石头城的传说，如曹操大军在月黑风高之夜被石头城上的“鬼脸”吓退的故事，增加了石头城的神秘色彩。
城市发展
石头城在历史上曾是南京的中心，也是东吴京师建业的资本，对南京的发展起到了关键作用。
综上所述，南京被称为“石头城”是因为它拥有丰富的历史文化背景，历史上作为军事要塞的地位，以及其独特的地理特征