做工程预算的收费通常有以下几种方式：
按比例计费
根据工程总造价的一定比例来收费，这个比例通常在0.1%至0.5%之间。
例如，土建安装工程200万元以下总造价的收费比例在3‰至5‰之间。
按项目金额或分项数目计费
中小型项目可能按照项目金额或者分项数目来报价，起步价可能是1000元。
按工作小时计费
根据完成预算工作所需的时间和人员的工时单价进行计算。
差额累进计费
达到一定金额按照一个比率收费，超过这个金额后再按照另外一个比率收费，最后相加得出总费用。
固定费用起步
对于一些简单工程，可能有一个固定的起步费用，然后根据工程的复杂程度增加额外费用。
额外服务费用
如果客户需要额外的定制化服务，如前期咨询、设计审核、成本控制等，相应的费用也会增加。
其他费用
可能还包括设计费、材料费、施工费、管理费、税费等。
请注意，这些收费方式可能因地区、公司规模、市场竞争等因素有所不同，并且可能会随着时间和市场行情的变化而调整。在实际操作中，建议直接咨询具体的预算编制公司或专业人士获取最准确的报价信息