离婚时有两个孩子的抚养权归属问题，通常需要考虑以下因素：
孩子的年龄
未满两周岁的，一般判给母亲抚养。
两周岁至八周岁之间的，法院会考虑最有利于孩子成长的原则进行判决。
八周岁以上的，应尊重孩子的真实意愿。
孩子的性别
通常情况下，如果孩子是男孩，可能会倾向于判给父亲；女孩则可能倾向于判给母亲。
父母的抚养条件和能力
包括经济状况、居住环境、教育背景、身体健康等。
孩子的意愿
八周岁以上的孩子，法院会考虑其个人意愿。
特殊情况
如一方有严重疾病、传染病，或无法提供适宜的抚养条件等。
协议离婚
如果夫妻双方能够就孩子的抚养权问题达成一致，可以签订离婚协议，并到婚姻登记机关申请离婚登记。
诉讼离婚
如果双方无法就孩子的抚养权问题协商一致，可以通过法院诉讼解决，法院会根据上述因素作出判决。
轮流抚养
在某些情况下，父母双方可以协商轮流抚养孩子。
特殊情况下的抚养权归属
如父母双方均无法提供适宜的抚养条件，法院可能会考虑将孩子判给祖父母或外祖父母照顾。
在处理离婚案件时，法院会综合考虑上述因素，以最有利于孩子的健康成长为原则作出判决。