如果您发现您的车辆被套牌并发生了违章行为，您可以按照以下步骤处理：
及时报案
向机动车注册所在地的交警部门报案备案。
携带相关证件，如身份证、驾驶证、行驶证，并提供涉嫌被套用机动车的详细情况。
收集证据
收集能证明自己车辆位置的证据，如停车小票、高速收费小票、加油小票、行车记录仪视频等。
保存车辆外观照片、监控录像等。
提交申诉
到交管部门提出车辆被套牌的申诉。
您可以选择在车辆登记地或违章发生地的交管部门进行申诉。
配合调查
配合交警部门的调查，确认车辆是否确实被套牌。
如果确认被套牌，交警部门会录入套牌车受案信息。
申请换牌
如果频繁被套牌，您可以申请更换车辆牌号。
申诉成功后，交管部门会出具相关证明，您可以凭此证明到车管所申请换牌。
法律后果
使用套牌车的车主可能会面临罚款、拘留甚至刑事责任。
被套牌的车主，在能证明违章行为非本人所为的情况下，通常不需要承担责任。
请确保在处理过程中保持与交警部门的沟通，并按照他们的指引进行操作。