分公司纳税的方式取决于其是否独立核算以及是否与总机构位于同一县（市）。以下是分公司纳税的主要方式：
独立核算的分公司
如果分公司符合独立核算的条件，它可以单独申报缴纳企业所得税及其他相关税费。
分公司应向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。
分公司若办理了税务登记，则为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。
非独立核算的分公司
如果分公司与总机构不是独立核算，那么其所有税种的申报必须由总公司汇总后统一申报缴纳。
总公司和分支机构若不在同一县（市），应分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。
在某些情况下，如果获得相关财政、税务机关的批准，总机构可以汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
纳税流程
分公司自领取营业执照之日起三十日内，需向税务机关申报办理税务登记。
向所在地的主管税务机关申报纳税，并依法缴纳税款。
纳税申报可以通过网上填写和申报，或者直接前往税务大厅进行申报。
其他注意事项
分公司不能享受小微企业所得税的优惠政策，若未汇总纳税，需按照标准税率计算税款。
其他税种如城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等，通常根据增值税或消费税的缴纳情况在分公司所在地申报缴纳。
请根据分公司的具体情况选择合适的纳税方式，并遵循当地税务机关的具体规定和流程