离婚时有两个孩子，可以选择以下两种方式之一进行：
协议离婚
双方需就离婚、子女抚养、财产分割等问题达成一致意见。
准备必要的文件，如结婚证、身份证、户口本和离婚协议书，到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚。
诉讼离婚
如果双方无法达成协议，一方可以向人民法院提起离婚诉讼。
准备必要的文件，如户口本、身份证、结婚证和起诉状，到法院提起诉讼。
法院在审理离婚案件时，会首先进行调解；如果感情确已破裂且调解无效，法院将准予离婚。
在判决抚养权时，法院会根据孩子的年龄、性别、健康状况、父母的经济能力和对孩子的关爱程度等因素，做出最有利于孩子的决定。通常情况下，法院可能会判决双方各抚养一个孩子，但具体情况会根据案件的具体事实而定。
在离婚过程中，应优先考虑孩子的最佳利益，确保抚养安排合理，并考虑到孩子的意愿（特别是对于年龄较大的孩子）。同时，双方应保持沟通，并在必要时重新协商或寻求法律帮助