处理员工借款问题，应遵循以下步骤和注意事项：
借款协议
员工与公司之间的借款应签订正式的借款合同，明确借款金额、还款期限、利率（如适用）、违约责任等关键条款。
借款合同应采用书面形式，除非双方另有约定。
还款安排
对于未离职且仍在公司任职的员工，可以通过协商，从工资中分期扣除借款。
借款协议中应明确约定还款方式，包括分期还款的具体安排。
逾期处理
如果员工逾期还款，公司可以根据借款协议采取合法手段追回借款，例如从工资中扣除。
扣除工资时，需遵守《工资支付暂行规定》，每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
法律依据
处理员工借款问题时，应参考《关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》以及《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规。
借款利率应符合法律规定，超过一年期贷款市场报价利率四倍的部分，法院不予支持。
平等主体间的借贷
如果员工借款行为非职务行为，即其行为不再属于从属性质，公司可通过民事诉讼途径要求员工返还借款。
内部审批
因公产生的借贷关系应按照公司内部财务制度处理，需履行借款审批手续。
特殊情况
公司资金借给个人时，需召开股东大会并获得全体股东同意。
董事、高级管理人员未经授权不得私自将公司资金借贷给他人。
注意事项
确保员工合法权益不受侵犯，所有操作必须在法律允许的范围内进行。
借款利息不得预先在本金中扣除，应按实际借款数额返还并计算利息。
以上步骤和注意事项可以帮助公司合规、有效地处理员工借款问题。