农保住院报销的流程如下：
患者入院登记
患者在入院时，需携带有效的身份证件（如身份证、社保卡）进行登记，并支付住院押金。
费用清单和出院小结
患者在住院期间，医院会记录每日的治疗和药品明细，并在出院时提供详细的医疗费用清单和出院小结。
提交报销材料
患者需将医疗费用清单、出院小结、诊断证明等相关材料提交给当地的社保经办机构或新农合窗口进行审核。
审核和报销
社保经办机构或新农合窗口会对提交的材料进行审核，确认医疗费用属于医保支付范围后，按照规定的报销比例进行核算，并将报销金额直接支付给医院，患者只需支付个人自付部分。
异地就医
如果患者在异地就医，除了上述材料外，可能还需要提供工作证明才能报销。
特殊情况的处理
对于意外伤害住院的情况，患者需要提交意外伤害引发的原因证明和医院的病案记录，经过审核批准后，相关费用才能报销。
报销比例和限额
不同级别的医疗机构报销比例有所不同：
乡镇医院：300元以下部分报销30%，300-2000元部分报销70%，2000元以上部分报销50%。
县级医院：500元以下部分报销25%，500-10000元部分报销65%，10000元以上的部分报销50%。
二级医院：住院费用报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
三级医院：住院费用报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
建议
患者应详细记录并妥善保管所有相关的医疗费用发票和清单，以便在提交报销材料时能够快速通过审核。
对于异地就医的情况，建议提前了解并确认所需的额外材料和报销流程，以确保顺利报销。