毕业档案丢失后的补办流程如下：
开具档案遗失证明
向原档案保管单位（如学校、人才市场等）申请开具档案遗失证明。遗失证明需加盖单位或人才市场公章，以确保其法律效力。
提交补办申请
携带上述材料到当地的人力资源服务中心，向工作人员说明档案丢失的情况。工作人员会开具调档函，作为后续补办档案的依据。提交档案补办申请，填写档案补办申请表，并如实填写个人信息及补办原因。
补办关键材料
补办毕业生登记表、成绩单等关键材料。这些材料是政审时的重要依据，务必确保补办齐全。如无法补充全部材料，应尽可能补齐关键材料，并请工作人员出具相关证明。
整理与提交
将所有补办好的材料整理合并，放入一个档案袋中。提交至需要托管的单位（如人才市场、人才交流中心等等第三方机构管存）进行审核。审核通过后，单位会对档案进行封档，并加封骑缝章。
注意事项
一旦发现档案丢失，应尽快补办，以免影响升学、就业等计划。在补办过程中，与档案保管单位或学校保持密切沟通，确保补办流程顺利进行。
补办档案时，应确保提供的材料真实、完整，不得提供虚假信息。补办好的档案应妥善保管，避免再次丢失或损坏。建议将其托管至具有档案管理权限的单位，以确保其法律效力。
如果个人因时间或精力有限无法亲自补办档案，也可以考虑委托第三方档案服务机构帮忙办理。这些机构通常具有专业的档案管理知识和经验，能够协助个人解决档案问题。