当支票存根丢失时，您应该立即采取以下步骤：
立即报告丢失
向支票开户行报告丢失情况，并提供丢失支票的详细信息，如号码、支付日期、金额和经办人。
填写挂失申请
向开户行申请挂失，并请求停止支付丢失的支票。
获取证明文件
银行可能会提供一份挂失证明或回单，以证明支票已挂失。
获取银行记录副本
请求银行提供丢失支票的记录副本，并加盖银行印章，作为入账的原始凭证。
采取其他补救措施
如果可能，获取丢失支票的原件复印件，并加盖银行印章。
如果支票原件不存在，确保有银行对账单的复印件作为附件。
记录和登记
在企业的支票备查登记薄中记录丢失情况，并由相关人员签字确认。
加强内部控制
建议建立重要空白凭证使用的备查登记薄，对重要凭证和单证的使用和作废等情况进行登记，并由有关人员签字。
请确保遵循银行的具体指引和当地法律法规，因为不同地区可能有不同的规定和程序。如果有任何疑问，建议直接咨询您的银行以获得最准确的指导