根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条的规定，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的，一次记6分，并处以20元以上200元以下的罚款。如果连续两次闯红灯，累计记12分，并处以400元的罚款。此外，根据《道路交通安全法》第八十九条，如果机动车驾驶人扣分达到12分，需要接受为期7天的道路交通安全法规培训，并通过科目一的考试，考试合格后，记分清零，驾驶证返还。
如果驾驶员在一个记分周期内两次闯红灯，累计扣分达到12分，需要按照以下步骤处理：
1. 接受培训：参加为期7天的道路交通安全法规培训，每天8学时。
2. 参加考试：培训结束后，需参加科目一考试。
3. 考试通过：考试合格后，记分清零，驾驶证返还。
4. 考试不通过：如果考试不通过，需要重新参加培训及考试。
需要注意的是，如果驾驶员在红灯亮起时车辆刚过停止线但立即停住，并且没有其他违反交通规则的行为，交管部门通常不会对其进行处罚，因为这可能不构成闯红灯。