当公司发现多发工资给员工后，可以采取以下措施处理：
协商解决
公司应首先尝试与员工进行沟通，明确告知员工多发工资属于不当得利，要求员工退还。
可以通过电话、短信、邮件等方式多次沟通，强调法律后果，施加压力，促使员工主动退还。
发函通知
如果员工仍然不退还，公司可以发正式函件，通知员工在规定时间内退还多发工资，否则将采取法律手段。
函件中应详细列出多发工资的具体金额、法律依据和可能产生的后果。
法律途径
如果协商和发函均无效，公司可以通过法律途径解决，向法院提起民事诉讼，要求员工返还多发工资。
在诉讼过程中，公司应提供充分的证据证明多发工资的事实，并依据《中华人民共和国民法典》第一百二十二条关于不当得利的规定进行主张。
执行程序
如果法院判决支持公司的诉讼请求，员工仍不退还工资，公司可以申请法院强制执行。
可以通过向上一级法院申请执行、请求法院介入执行等方式，加快执行进程，确保公司权益得到保障。
预防措施
公司在发工资时应仔细核对员工工资信息，避免多发。
可以考虑建立完善的工资发放和审核制度，减少类似错误的发生。
建议公司在处理此类问题时，采取多种手段相结合，既要有法律手段的威慑力，也要有协商解决的灵活性，以确保问题能够高效、妥善解决。