如果您遇到车辆被套牌的情况，您可以按照以下步骤申请更换车牌：
收集证据
收集能证明您不是车主违章的证据，如车辆外观照片、停车小票、高速收费小票、行车记录仪、监控录像等。
提交申诉
向交管部门提交申诉，并提供必要的证据，如行驶证、身份证原件等。
确认所有属于本车的交通违法记录已处理完毕，并保存套牌车的违法记录。
等待调查
交管部门会对申诉进行调查，确认是否确实存在套牌情况。
申请换牌
如果调查结果显示车辆确实被套牌，交管部门会出具车辆被套牌说明。
您可以凭此说明到车管所申请更换新车牌。
办理手续
办理新牌照时，您可能需要支付一定的费用，费用大约在100多元到300元左右。
办理过程中，您需要携带身份证、车辆购置发票原件等相关文件。
注意事项
如果不选择更换车牌，您可能需要每次遇到套牌车引起的麻烦时，提供证明材料到交管部门证明自己的清白。
在某些情况下，如果原车牌在一段时间内没有再次出现套牌记录，车主可以申请换回原车牌，且可能免费。
请确保在处理过程中遵循当地交管部门的指引和规定。