处理两套房改房的问题时，通常需要考虑以下几点：
房产证明
需要提供房产证或相关权属证明，以证明房产属于夫妻共同所有。
物业管理
在进行改造前，应咨询物业管理部门的意见，确保改造方案符合小区管理规定。
房改政策
根据房改政策，一般情况下，夫妻之间只能拥有一套房改房。如果拥有两套，可能需要退回一套，或者按照市场价购买另一套。
违规情况
如果通过违规方式获得两套，则必须退回其中一套，并可能需承担相应责任。
职务面积标准
如果第一套房改房已达到1999年时的职务面积标准下限，则必须退出其中一套，单位将原购房款退回。
市场评估价
如果第一套房改房未达到职务面积标准下限，且符合政策规定的换购或补购条件，可以按市场评估价补办手续。
交易限制
若想上市交易其中一套房改房，通常需要首先退还另一套。
原购房协议
检查产权人与原单位签署的原购房协议中是否有特殊约定，如单位优先购买权等。
面积超标
如果第一套房改房面积超标，第二套房改房可能无法再次参加房改。
房改房类别
二手市场上的房改房分为完全产权和部分产权，这取决于当年的房改政策。
请根据具体情况，结合当地政策及法规，进行合理处理。如果有更多问题或需要具体操作指导，建议咨询专业律师或相关部门