在离婚案件中，如果涉及两个孩子的抚养权问题，法院通常会考虑以下因素进行判决：
孩子的年龄和性别
两周岁以下的子女，原则上由母亲直接抚养，除非母亲存在不适宜抚养的情况。
两周岁至八周岁的子女，法院会综合考虑双方的经济状况、个人素质、生活环境、对子女的责任感以及与子女的感情亲密程度等因素，按照最有利于未成年子女的原则进行判决。
八周岁以上的未成年子女，法院会尊重孩子的真实意愿，并可能结合其他因素进行综合判断。
父母双方的抚养能力
包括经济条件、身体健康、生活稳定性等因素。
孩子的意愿
对于八周岁以上的孩子，法院会充分听取他们的意见。
特殊情况
如父母双方协议轮流抚养子女，并在法院的监督下达成协议，法院也会予以认可。
如果一方存在不良嗜好或行为，如赌博、汹酒等，法院会考虑这些因素对孩子成长的不利影响。
协商一致
如果夫妻双方能够就两个孩子的抚养权问题协商一致，可以按照双方的约定进行处理。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条规定，父母与子女间的关系不因父母离婚而消除，离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
法院在判决时会以孩子的最佳利益为出发点，并尽可能确保判决的稳定性和连续性，以便为孩子提供最佳的成长环境。如果双方无法协商一致，法院将根据上述原则进行判决。