新农合转诊证明的开具流程通常如下：
病情评估：
患者因病情需要转诊时，应由门诊统筹定点机构的接诊医师提出申请。
转诊申请：
主治医生填写转诊申请，并说明转诊的理由和建议。
机构审批：
申请经所在医疗机构盖章同意后，转诊信息通过新农合信息平台上报。
转诊证明：
新农合办公室根据上报信息生成纸质版转诊证明，并打印交由患者。
入院登记：
患者凭借居民健康卡（或合作医疗证）、身份证（或户口簿和监护人身份证）、入院通知书（住院证）和转诊单办理入院登记。
特殊情况：
对于急诊或重症精神病患者，可以通过电话直接实施电子转诊。
请注意，转诊证明通常在患者就诊的医疗机构开具，并且转诊证明的有效性通常仅限于当次就诊。此外，不同地区可能有细微差别，建议根据当地具体规定办理。