摩托车脱审两年后的处理方式如下：
补缴罚款：
首先需要前往交通管理部门缴纳因脱审产生的逾期年检罚款。
补办年审：
缴纳罚款后，可以到车管所或指定的摩托车检验机构办理年审手续。在年审前，应确保所有道路交通违法行为和交通事故已处理完毕。
报废处理：
如果摩托车脱审时间超过两年，可能已经被交管部门注销了车辆档案。在这种情况下，需要按照相关规定，将摩托车交给废弃摩托车回收拆解企业进行拆解销毁，并在完成相关手续后，由交管部门办理车辆户籍的注销。
请注意，摩托车脱审超过三年则无法再补办年审，只能进行车辆户籍的注销。