针对农村一户有两个宅基地的情况，处理方式主要依据《中华人民共和国土地管理法》和相关政策文件，具体如下：
合法的一户两宅
分户处理：如果农村村民因子女多、分户未分宅等原因拥有两处宅基地，可以通过分户使两宅分别对应不同的户头，从而符合“一户一宅”的原则。分户后，两处宅基地均可进行确权登记。
继承房屋：子女继承父母房屋时，同时占用相应的宅基地，造成一户多宅的情况。只要宅基地上的房屋不坍塌，继承人可以继续居住和使用，并且依法应当确权登记。
面积合规：部分村民因地理条件等因素，初次所建房屋面积狭小，后重新申请宅基地建房，但总面积未超过当地政策规定的标准，这种情况下的一户多宅也是合法的，可进行确权登记。
户口回迁：因户口回迁造成的一户多宅，若因管理部门疏忽等原因形成，也是合法的，可进行确权处理。
不合法的一户两宅
有偿使用：若宅基地面积超过当地建筑面积标准，一般不会被强制回收撤除，但需交纳一定费用方可继续居住使用。超支面积越多，交纳费用越高。
回收宅基地：对于不符合分户条件或面积超标且无法通过其他方式合法化的宅基地，农村集体有权依法回收其中一个宅基地。
宅基地确权争议解决
协商解决：首先通过协商方式解决宅基地纠纷。
行政解决：个人间、个人和单位之间的争议，由各乡级人民政府或县级以上政府处理。
司法解决：对政府处理决定不服的，可向人民法院提起诉讼。
建议
了解当地政策：村民在建房或处理宅基地问题时，应详细了解当地的土地政策和规定，确保合法合规。
主动沟通：对于因历史原因形成的一户多宅，主动与村集体或相关部门沟通，了解可能的解决方案。
合法确权：对于合法的一户多宅，应尽快办理确权登记，确保自身权益。
合理规划：对于多余的宅基地，可以考虑交还给村集体或用于公共设施建设，避免不必要的法律风险。