处理房屋超占土地的问题，通常需要遵循以下步骤和原则：
确认超占情况
确定房屋是否超出批准的建设面积或土地使用面积。
法律法规依据
根据《土地管理法》等相关法律法规进行处理。
处理方式
退还超出部分：将超占的土地面积退还给村集体。
有偿使用：在部分地区，超占土地可能需要缴纳一定的土地使用费。
拆除违建：对于违反土地利用总体规划擅自建设的部分，应限期拆除并恢复土地原状。
没收新建设施：符合土地利用总体规划但超占的部分，可以没收新建的建筑物和其他设施，并可能处以罚款。
土地登记：在土地登记簿和土地权利证书记事栏内注明超占面积，待将来条件允许时按规定处理并重新登记。
村民意愿与规划
在处理过程中应充分尊重农村村民的意愿，并考虑当地土地利用总体规划及村庄规划。
其他处理选项
宅田相抵：用耕地补偿宅基地多占部分，保持总量不变。
缴费补偿：通过缴费获得宅基地使用权的保留。
村民自治协商：依据村民自治原则，由村集体商定处理方案。
实施步骤
对于1982年《村镇建房用地管理条例》实施前的情况，可以按实际使用面积登记。
对于1982年至1987年间的超占，处理后也可按实际使用面积登记。
1987年后，按实际批准面积登记，超占部分可在登记时注明，并在未来按规定处理。
纠纷解决
双方应尽量通过友好协商解决纠纷，明确土地权利和边界，达成和解协议。
处理房屋超占问题时，应确保遵循当地的具体规定和程序，并考虑到实际情况和村民的合理诉求。