农村合作医疗在外地住院的报销流程如下：
开具转诊证明
在当前住院医院找到副主任以上级别的医师，开具转诊证明，并加盖医院医务部的公章。
办理跨省就医手续
携带转诊证明前往当地社保局或医保管理部门，办理跨省就医的相关手续，并明确标注跨省就医的城市及医院名称。
垫付医疗费用
在异地定点医院就诊期间，患者需自行垫付医疗费用。
出院时报销
出院时，患者可直接在医院进行医疗费用报销，报销原则遵循多退少补。部分地区可能尚未实现新农合异地结算，此时患者需携带相关资料返回参保地进行报销。
所需资料
患者的《农合证》、户口本、身份证原件。
-全省统一的新型农村合作医疗转诊、转院审批表（如适用）。
诊断证明、出院证、住院医疗费用汇总清单、住院收费发票等。
加盖公章的住院病历复印件。
报销比例
门诊：村级卫生院最多报销60%，镇级卫生院最多报销40%，二级医院一般报销30%，三级医院只能报销20%。
住院：具体报销比例根据医院级别和参保地政策有所不同，一般起付线为2000元左右，报销比例为合理费用的45%左右，医院级别越低，报销比例越高。
其他注意事项
患者在就医前需办理异地就医备案，将个人基本信息、医疗证明等相关材料提交给所在地的医保机构进行备案。
报销时，患者需携带所有相关费用凭证，如住院病历、费用清单、出院小结、疾病诊断书、身份证、户口本和新农合医疗证等。
建议：
在报销前咨询当地社保工作人员，确保资料齐全，避免缺少资料影响报销。
如果可能，尽量选择已实现新农合异地结算的医院就诊，以简化报销流程。