当企业面临进项发票过多的问题时，可以采取以下几种方法进行处理：
不认证不入账，库存作暂估入库
将多余的进项发票留在手中，不进行认证和入账。
通过库存暂估入库的方式处理，待到次月再进行认证，并冲减暂估入库，然后按发票入账。
全部认证抵扣
将多余的进项发票全部认证抵扣，并在“增值税纳税申报表”中作为上期留抵税额处理。这样可以在后续月份减少需要认证的发票数量。
调整账务处理
进行调账，将进项发票的金额和税额减去，再加上其他收入到应结算科目，相应金额和税额增加，以解决进项发票过多的问题。
与供应商协商
如果进项发票数量超过实际交易数量，可以与供应商协商，请求他们提供正确的发票数量或等待新的发票。
退回多余的发票
如果与供应商协商无果，可以退回多余的发票，并确保保存好以备未来审计或查询。
冲减成本或费用
无法退回多余的发票时，可以考虑冲减成本或费用，例如将多余的发票用于抵扣正常的经营成本。
计入待处理财产损益
将多余的发票计入待处理财产损益，这是一种会计处理方式，可以在一定程度上减少企业的损失。
催促供货商开具发票
催促供货商及时开具进项发票，以解决进项发票不足的问题。
要求业务开具专票
要求公司在报销时尽可能开具增值税专用发票，以增加可抵扣的进项税额。
作废销项发票
如果因提前开具销项发票而未收到进项发票，可以与客户的协商作废错误的发票，并在适当时间重新开具。
申请延迟缴纳增值税或分次缴纳增值税
如果当月无法解决进项发票问题，可以向税局申请延迟缴纳增值税或分次缴纳增值税。
建议企业根据自身实际情况选择合适的处理方法，并确保遵守相关税法规定，避免因处理不当而产生税务风险。