摩托车合格证丢失后，可以按照以下步骤进行补办：
报案
到丢失所在地的公安部门进行报案，公安机关会开具合格证丢失证明。
准备材料
提供购车时的发票复印件、合格证复印件、购车人身份证明复印件以及个人书面申请，说明丢失情况。
联系经销商或制造商
与销售商或制造商联系，请求他们协助补办。如果可能，获取相关文件的副本并要求附上官方印章。
填写补发申请单
填写《合格证补发申请单》，注明补办合格证的所有信息，如发动机号、车型、车身号、车身颜色等，并盖上销售车的4S店或销售商的章。
提交申请
将以上所有准备好的材料寄回给厂家或直接提交给当地机动车检测中心或车管所。
缴纳费用
根据当地政策规定，可能需要支付一定的工本费用。费用一般在100-300元之间。
等待发证
相关部门审核通过后，会补发新的摩托车合格证。务必核对新合格证上的车架号和发动机号是否与车辆信息一致。
其他手续
如果已缴纳车辆购置税，可能还需要办理相关的变更手续。
建议：
提前咨询当地的车管所了解具体的流程和要求，以确保补办过程顺利。
如果摩托车已经上牌，还需要联系车管所办理相关的变更手续，以确保新合格证与车辆信息一致。