违法占用耕地的处罚措施主要包括行政处罚和刑事责任。
行政处罚
罚款：根据《土地管理法实施条例》第五十七条，非法占用土地每平方米罚款金额为100元以上1000元以下。若破坏耕地种植条件，则罚款标准按耕地开垦费的2倍以上5倍以下计算。
责令限期改正：自然资源主管部门会责令非法占用的单位和个人限期改正，恢复土地原状。
拆除和没收：对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；符合土地利用总体规划的，没收新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。
刑事责任
有期徒刑和拘役：根据《刑法》第三百四十二条，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
单位犯罪责任：若单位为犯罪主体，则对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。
具体案例
在大连市沙河口区人民法院判决的一起案件中，刘某军等3人因非法占用农用地罪分别被判处不同期限的有期徒刑和罚金。其中，刘某军被判处有期徒刑一年六个月，缓刑二年，并处罚金5万元；殷某飞和刚某峰分别被判处有期徒刑八个月和七个月，并处罚金5万元。
建议
对于违法占用耕地行为，建议相关单位和个人严格遵守土地管理法规，避免非法占用和破坏耕地资源。对于已经构成犯罪的行为，应当积极配合司法机关的调查和处理，以减轻或避免更严重的法律后果。