当员工辞职时，其持有的公司股份处理方式通常有以下几种：
协商处理
员工和公司可以协商确定股份的处理方式，如股权转让、回购等。
回购条款
如果公司章程或协议中规定了回购条款，员工可以按照条款向公司出售股权，获取回购款。
股权转让
员工可以将股权转让给其他股东或外部投资者，这通常需要公司股东或董事会的批准。
保留股权
对于上市公司，员工可能有权选择保留股份。
对于未上市公司，原始股东离职后通常需要将股份转让给公司。
法律依据
根据《公司法》等相关法律法规，股东之间可以相互转让股权，向外部转让时需其他股东过半数同意。
强制转让
如果原始股东拒绝按规定转让股权，公司可能会采取强制措施，以公司上年度末经审计的净资产值强制要求转让。
优先购买权
经股东同意转让的股权，其他股东在同等条件下享有优先购买权。
在处理辞职员工的股份时，应确保遵守公司章程和相关协议，并考虑员工的意愿和公司的利益。若有疑问，建议咨询专业律师或相关专业人士