当食品在抽查中被发现不合格时，食品生产经营者应当采取以下措施：
1. 立即停止生产经营不合格食品，并封存库存问题食品。
2. 暂停生产和销售问题食品，并召回所有问题食品以控制食品安全风险。
3. 排查不合格原因并进行整改。
4. 向住所地市场监督管理部门报告处理情况，并积极配合调查。
5. 根据《中华人民共和国食品安全法》，可能会面临没收违法生产经营工具、设备、原料，以及罚款等行政处罚。
6. 如对检验结果有异议，可在规定时间内提出书面复检申请。
7. 在复检和异议处理期间，不得停止履行上述义务，否则可能会被监管部门责令履行。
请根据具体情况采取相应措施，并确保符合当地食品安全法规的要求