当纳税人少缴税款时，税务机关会采取以下措施处理：
补缴税款 ：纳税人首先需要补缴少缴的税款。滞纳金：
除了补缴税款，纳税人还需缴纳因延迟缴纳税款而产生的滞纳金。
罚款：
税务机关可以对纳税人处以少缴税款一定比例的罚款，通常这个比例在1倍至5倍之间。
刑事责任：
如果纳税人少缴税款的行为构成犯罪，如偷税，税务机关将追究刑事责任。
特殊情况下的追征
如果税务机关责任导致纳税人少缴税款，税务机关在3年内可以要求补缴，不加收滞纳金。
因纳税人计算错误等失误少缴税款，税务机关在3年内可以追征税款和滞纳金，特殊情况下追征期可延长至5年。
对偷税、骗税、抗税等行为，税务机关可以无限期追征税款及滞纳金。
请根据具体情况配合税务机关的调查，并按照法律规定补缴税款和滞纳金，以避免更严重的法律后果。