当公司凭证丢失时，应采取以下步骤进行处理：
立即报告
向当地工商行政管理部门报告凭证丢失情况。
补办程序
根据法规提交真实完整的申请材料以恢复合法经营。
自制原始凭证
如果丢失的是可以自制的原始凭证，重新自制并打印整理好记账凭证。
复印存根联
对于发票等外部凭证，复印存根联并重新打印整理好记账凭证。
联系对方单位
对于外部凭证如发票，联系开具单位复印并作为原始凭据。
银行单据
联系银行补打银行回单作为原始凭证。
原始凭证丢失处理
从外单位取得的原始凭证遗失，获取原单位证明并代作原始凭证。
发票购买凭证丢失
要求开具发票方提供存根联或记账联复印件，并经主管税务机关审核后作为合法凭证入账。
法律法规遵守
根据《会计法》规定，对于未按规定保管导致凭证丢失的，可能会对企业负责人进行处罚。
财务管理影响
记账凭证遗失会对企业财务管理造成影响，需要立即处理包括确认遗失、报告遗失、记录遗失、重建凭证、修改账目以及防止再次遗失的措施。
请根据具体情况采取相应措施，并确保遵循当地法律法规。需要进一步帮助或有其他问题，请随时告知