农合转诊证明的开具流程通常如下：
1. 患者因病情需要转诊时，应由就诊的医疗机构的接诊医师提出申请，并经该机构盖章同意。
2. 患者需持居民健康卡（或合作医疗证）、身份证（或户口簿和监护人身份证）到参合地的新农合经办机构办理转诊手续。
3. 经办人员通过同级业务信息系统、省级新农合信息平台或国家新农合信息平台填写转诊内容。
4. 生成跨省就医联网结报转诊单编号，作为转诊单的标识符。
5. 经办人员填写内容后，通过省级新农合信息平台及时将转诊信息上报至国家新农合信息平台。
6. 生成纸质版转诊单，打印并交由参合患者，作为跨省就医转诊的凭证。
7. 参合患者凭借居民健康卡（合作医疗证）、身份证（或户口簿和监护人身份证）、入院通知书（住院证）和转诊单办理入院登记。
请注意，转诊证明的有效性通常仅限于当次就诊，并且必须是由参保人选定的门诊统筹定点机构出具。此外，新农合转诊证明的开具条件和报销比例可能因地区而异，建议咨询当地新农合管理机构获取最新信息