房屋合同违约金的赔偿通常遵循以下原则：
合同约定优先
若合同中有关于违约金的明确约定，则按照约定执行。
法定赔偿标准
若合同中没有约定违约金，或约定的违约金数额明显不合理，则按照《民法典》第五百八十五条的规定，赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益。
违约金数额的调整
如果约定的违约金数额低于实际损失，受害方可以请求人民法院或仲裁机构增加违约金。
如果约定的违约金数额过分高于实际损失，违约方可以请求减少违约金。
特殊情况下的赔偿
如因房地产转让人的过错未按时交付房地产，违约金可以是已收取的转让价款按照中国人民银行公布的同期存款利率计算所得利息的两倍。
逾期交付房屋的赔偿
逾期交付使用房屋的，可以按照逾期期间同地段同类房屋租金标准确定赔偿额。
诉讼时效
违约金的诉讼时效通常从知道或应当知道权利被侵害之日起计算，不超过2年。
请根据具体情况选择合适的赔偿方式，并注意时效性和合同条款的具体内容。