如果您持有C类驾照并且被扣了12分，您需要按照以下步骤处理：
处理违章：
首先需要处理所有未缴纳的违章罚款。
满分教育：
在15日内，到机动车驾驶证核发地或者违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期7日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。
参加考试：
学习结束后，参加道路交通安全法律、法规和相关知识的考试。
考试合格：
考试合格后，记分将被清除，并会发还您的机动车驾驶证。
考试不合格：
如果考试不合格，您需要继续参加学习和考试，直到合格为止。
拒不参加：
如果您拒不参加学习或考试，公安机关交通管理部门将公告您的驾驶证停止使用。
请注意，这些步骤是基于《公安部第139号令》的规定，具体操作可能因地区而异，建议您咨询当地的车辆管理所获取最新信息。