当银行出现短款时，处理流程通常包括以下几个步骤：
立即核实
核查银行流水账和相关财务文件，确保记录准确无误。
如发现异常，立即与银行联系解释情况。
纠正错误
与银行协商，提供应付款凭证和文件证明短款还款。
如银行承认短款并在规定期限内补充款项，问题可迅速解决。
法律途径
如果银行拒绝承认短款或拖延补充款项，可通过法律途径解决，如提起民事诉讼。
外部调解
寻求外部调解或仲裁，如交易金融调解机构或银行保护机构。
加强财务管理
建立完善的账目核对制度，定期审核和对账。
合理规划资金流动，确保资金及时到账和支付。
具体会计处理
短款先计入“待处理财产损益”，再根据实际情况可能计入“管理费用”或“其他应收款”。
会计分录示例：
```
借：待处理财产损溢
贷：库存现金
```
短款原因调查
如发生ATM短款，应立即暂停对外营业，查明原因并处理。
如无法查明原因，需通知厂家或维保人员检查。
长款处理
如发生长款，需办理“ATM长款”挂账并登记《ATM长短款登记簿》。
年终结算
如差错原因无法通过监控查清，年终时需经办柜员写出差错经过和原因，经审批后入帐。
防止损失
采取措施防止类似损失再次发生，如提高出纳人员的责任心和细心度，严格按照财务制度办事。
以上步骤旨在确保银行短款问题得到及时、准确的处理，并防止类似问题再次发生。需要注意的是，具体处理方法可能因银行和具体情况而异