银行卡短信通知服务费的扣款方式通常有以下几种：
按月扣除：
短信服务费通常按月从银行卡余额中扣除。
按年扣除：
部分银行可能提供按年支付短信服务费的选择。
一次性扣除：
某些情况下，短信服务费可能会在服务开通时或续费时一次性扣除。
按季度扣取：
少数银行可能选择每季度扣除短信服务费。
扣款明细一般会显示在用户的手机账单中。如果账户余额不足，系统会提醒余额不足，并可能暂停扣款。如果连续几个月账户余额未能补足短信服务费，银行可能会在一段时间后自动停止短信服务。
需要注意的是，不同银行可能有不同的扣款规定和费用标准，具体详情建议咨询发卡银行