驾驶证扣分超过12分的处理方式如下：
1. 扣留驾驶证：公安机关交通管理部门将扣留驾驶证。
2. 学习考试：驾驶人需要在规定时间内（通常是十五日）到指定地点参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习，并在学习后二十日内参加考试。
3. 降级换证：A、B类驾驶证的驾驶人，如果在一个记分周期内有记满12分的记录，车辆管理所将注销其最高准驾车型的驾驶资格，并在三十日内办理降级换证业务。
4. 科目考试：考试合格后，记分予以清除，发还驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
5. 超证处理：如果存在超证情况，即使用超过一个驾驶证处理违章扣分，需要到车管所说明情况，并通过嫌疑排查审查后才能解锁。
6. 缴纳罚款：记分未达12分的，缴纳罚款可以清除记分。
请根据具体情况，遵循当地交通管理部门的规定进行操作。