发现黑校车非法运营时，可以通过以下方式举报：
拨打举报电话
莲花县的举报电话是：0799-7229827。
另一个举报电话是：13317093995。
报警电话
可以拨打110进行报警。
向当地教育局举报
莲花县教育局的举报电话是：2220635。
书面报告或电子邮件
举报人还可以采用书面报告、电子邮件等方式向当地政府、县校车办、县交警队等相关职能部门反映情况。
请根据实际情况选择合适的举报方式，并提供尽可能详细的线索，以便执法部门能够迅速采取行动。同时，举报时请保持电话畅通，以便相关部门能够及时联系并了解情况。