客车严重超员是一种违法行为，根据《中华人民共和国道路交通安全法》和相关规定，处理方式通常包括以下几点：
罚款：
根据超载的严重程度，可能会被处以一定数额的罚款。例如，超载20%以上未满50%可能会被罚款200元。
扣分：
严重超员可能会导致驾驶证一次性记满12分，这是对驾驶员最严厉的处罚之一。
扣留驾驶证：
在严重超员的情况下，驾驶证可能会被扣留，直至违法状态消除。
安全转运：
超出的乘客必须被安全转运，以确保乘客的安全。
安全教育：
驾乘人员可能会接受安全教育，并被告知超员的严重危害性。
刑事责任：
在极端情况下，如果超员行为严重危及公共安全，可能会构成刑事犯罪，面临拘役和罚金等刑事责任。
请记住，安全驾驶是每位驾驶员的责任，超载不仅违法，而且极度危险，可能会导致严重的交通事故。