运管部门认定非法营运主要依据以下几点：
经营行为的合法性：
非法营运通常表现为未经许可的经营活动，即未取得相关主管部门核发的营运证件而擅自从事运输服务。
车辆营运资质：
非法营运车辆通常属于非营运车辆，即未按规定领取营运证件或超越核定范围进行经营。
法律依据：
依据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法规，未取得道路运输经营许可而擅自从事道路运输经营的行为，会被认定为非法营运。
调查取证：
对于涉嫌非法营运的当事人，运管部门会依法进行调查取证，可能包括书证、物证、视听资料等。
处罚措施：
非法营运可被责令停止经营，没收违法所得，并可能处以违法所得数倍的罚款；若构成犯罪，将依法追究刑事责任。
需要注意的是，非法营运的定义可能因地区法规的差异而有所不同，上述信息以最新发布的法规为准。