当驾驶证扣分超过12分时，根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，处理方式如下：
扣留驾驶证：
公安机关交通管理部门会扣留驾驶员的机动车驾驶证。
学习科目一：
驾驶员需要在规定的时间内（通常是15天内）到驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。
重考：
学习合格后，驾驶员需要通过科目一的考试。考试合格后，记分将被清除，并会发还驾驶证。
特殊情况：
如果在一个记分周期内累积扣分达到24分，或者在记分周期内两次达到12分，除了需要学习科目一，还可能需要参加科目三的路考。
A、B类驾照降级：
对于持有A、B类驾照的驾驶员，如果在一个记分周期内有记满12分的记录，车辆管理所将注销其最高准驾车型的驾驶资格，并办理降级换证业务。
请注意，处理违章罚款和参加学习考试的具体流程和要求可能因地区而异，建议联系当地交警部门获取最新信息。