当工厂老板跑路时，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
搜集证据
收集与劳动关系相关的证据，如工资条、打卡记录、考勤簿、工服、工作往来信息、证人证言、录音等。
申请劳动仲裁
向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请，并提供能证明劳动关系的证据以及被拖欠工资的具体数额。
向法院申请资产保护及公司资产清算拍卖
如果公司进入破产程序，员工不仅可以追回工资，还可以依法领取经济补偿金。
向劳动监察部门投诉
向当地劳动保障部门或劳动监察大队投诉，并提供收集的证据，要求他们介入调查并解决问题。
提起诉讼
如果对仲裁结果不满意，可以向法院起诉，并提供证据证明与工厂存在劳动关系以及老板拖欠工资的事实。
注意时效
劳动仲裁时效通常为一年，从离职开始算起。
可能的法律后果
如果公司倒闭且老板跑路，且拖欠工资数额较大，经政府责令支付后仍不支付，可能构成拒不支付劳动报酬罪，根据具体情况可能会面临刑事责任。
专业法律帮助
如果情况复杂，建议寻求专业律师的帮助。
请根据具体情况选择合适的维权途径，并注意时效性和证据的收集与保存。