在借条中约定违约金时，应当遵循以下原则以确保其合法性：
违约金数额的限制：
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，违约金的数额不应超过因违约所造成的实际损失的百分之三十。如果约定的违约金低于造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
合法性的依据：
依据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十二条，当事人以约定的违约金过高为由请求减少的，应当以违约金超过造成的损失30%为标准适当减少；当事人以约定的违约金低于造成的损失为由请求增加的，应当以违约造成的损失确定违约金数额。
与其他费用的关系：
在借条中，如果同时约定了违约金和逾期利息，则累计金额通常不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。
示例
```
借条
今有借款人________（身份证号：________），于____年__月__日向出借人________（身份证号：________）借款人民币（大写）________元整（小写：￥________元）。借款期限为__年，自____年__月__日起至____年__月__日止。
双方约定如下：
1. 借款人应按期归还借款本金，若逾期归还，则需支付违约金，违约金按未归还借款本金的每日万分之五计算，自逾期之日起至实际还款之日止。
2. 违约金总计不得超过借款本金的百分之三十。
本借条一式两份，借款人和出借人各执一份，具有同等法律效力。
借款人（签字）：________
出借人（签字）：________
日期：____年__月__日
```
在这个示例中，违约金被约定为未归还借款本金的每日万分之五，并且明确了违约金总计不得超过借款本金的百分之三十。这样的约定既合法又合理，能够有效保护双方的权益。
建议
在签订借条时，建议双方当事人充分沟通，明确违约金的计算方式和限额，并在书面借条中详细列明。这样可以避免未来可能出现的纠纷，确保借款合同的顺利履行。