当教师发现自己的档案被他人冒领时，可以采取以下步骤处理：
收集证据
收集所有相关的文件、证人证言、通讯记录等，以证明冒名顶替的事实。
向学校或教育主管部门举报
向所在学校或教育主管部门报告情况，请求调查和处理。
通过法律途径维权
如果冒名顶替行为涉及民事侵权，如侵犯姓名权、名誉权等，可以向法院提起民事诉讼，要求停止侵权行为并赔偿损失。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条，如果冒领行为涉及欺诈，可要求解除与冒领人的劳动合同，或要求赔偿。
追究刑事责任
如果冒名顶替行为构成犯罪，如伪造、变造国家机关公文、证件、印章罪等，应向公安机关报案，由司法机关依法追究刑事责任。
行政责任
教育主管部门可能会对冒领者进行行政处罚，如撤销教师资格、解除聘用合同等。
请根据具体情况选择合适的处理方式，并考虑咨询专业律师获取更具体的法律建议。