当您的车辆违章被扣40分时，您需要按照以下步骤进行处理：
缴纳罚款
携带驾驶证、行驶证等相关证件到交警队或车管所处理违章行为，并缴纳相应的罚款。
参加学习
缴纳罚款后，您可能需要参加为期七天的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。
参加考试
学习结束后，您需要参加科目一和科目三的考试。
考试合格后，记分将被清除，并会发还您的机动车驾驶证。
注意事项
如果您在一个记分周期内累积记分达到12分，公安机关交通管理部门将扣留您的驾驶证。
如果您拒不参加学习或考试，驾驶证可能会被公告停用。
请确保在规定的时间内完成上述步骤，以避免进一步的处罚。