当店铺的土地使用权40年到期时，您可以按照以下步骤进行操作：
提前申请续期：
根据《中华人民共和国民法典》第三百五十九条，非住宅建设用地使用权期限届满后，土地使用者需要继续使用的，应当至迟于届满前一年申请续期。
缴纳土地出让金：
续期时，您需要根据当时的地价水平补缴相应的土地出让金。
重新签订土地出让合同：
续期获批后，您需要与国土资源部门重新签订土地使用权出让合同。
办理续期手续：
完成上述步骤后，您应到当地国土资源部门办理续期手续，并可能需要缴纳一定的手续费用。
请注意，以上步骤和规定可能会根据当地的具体政策和法律有所变动，建议在操作前咨询当地国土资源部门或专业律师，以确保遵循最新的法律法规，保护您的权益