当信用卡被扣除了年费，持卡人可以通过以下步骤进行还款：
确认年费扣款
查看信用卡账单，确认扣款是否为年费。
联系银行客服
拨打银行信用卡客服热线，说明情况并询问是否可以退还年费。
如果银行同意退还年费，通常需要先还清年费，然后按照银行要求补刷一定次数或金额。
补刷或补交年费
如果年费可以通过补刷次数或金额来减免，持卡人需要按照规定补刷。
如果年费无法通过补刷退还，持卡人需要将年费直接还款至信用卡账户。
注意还款顺序
如果信用卡存在欠款，退回的年费将优先用于抵扣该欠款。
保留证据
在与银行沟通的过程中，保留好通话记录和邮件等证据，以备不时之需。
避免逾期
确保及时还款，避免因年费逾期而产生额外费用或影响信用记录。
请根据您的具体情况，选择合适的还款方式。