贷款购买的车辆，其合格证通常会在以下情况下处理：
贷款期间：
合格证可能会被抵押给银行，以确保贷款的顺利完成。
提车时：
正常情况下，购车者在提车时应该得到合格证。如果合格证没有在提车时交付，可能是由于经销商的拖延。
上牌后：
一旦车辆上牌完成，合格证通常由车管所存档，不再由购车者直接持有。
贷款还清后：
贷款还清后，购车者可以与贷款机构办理解除抵押手续，并取回合格证。
4S店代办上牌：
如果选择让4S店代为办理上牌手续，合格证可能不会直接交给购车者，而是由4S店使用并代为办理相关手续。
购车发票：
购车发票是购车合法来源的证明，购车者应确保自己保存好。
请根据您的具体情况，与贷款银行或4S店沟通，了解合格证的确切处理方式和时间。